El Parque Nacional del Manu alberga más de 1025 especies de aves, incluyendo guacamayos, tucanes, águilas arpía y muchas más. Entre las 20 especies más comunes se encuentran el guacamayo azul y amarillo, el guacamayo escarlata, el guacamayo verde, el tucán pico iris, el tucán de pecho blanco, el águila arpía, la cotinga pompadour, el gallito de las rocas, el jacamar de cola rufa, el búho cornudo, el tinamú grande, la pava de monte, la garza tigre, el martín pescador amazónico, la espátula rosada, el gavilán pollero, el pato aguja, el carpintero lineado, el mosquero real coronado y el ibis verde.