Entre las plantas y árboles más destacados del Parque Nacional del Manu se encuentran la ceiba, conocida por su imponente altura y su tronco grueso; el caucho, famoso por la producción de látex; la caoba, apreciada por su madera de alta calidad; el cedro, otra especie de madera valiosa; y el aguaje, una palmera cuyas frutas son consumidas tanto por humanos como por la fauna local. También destacan el leche leche (Sapium glandulosum), un árbol que produce un látex blanco utilizado en la elaboración de pegamentos naturales, y la sangre de grado (Croton lechleri), famosa por su resina roja con propiedades antiinflamatorias y cicatrizantes.
Además, el achiote (Bixa orellana) es otra planta significativa en el parque, cuyas semillas se utilizan para obtener un colorante natural rojo, muy valorado en la cocina y en la medicina tradicional. El achiote no solo es conocido por su uso culinario, sino que también posee propiedades antioxidantes y antiinflamatorias, siendo utilizado en remedios naturales para tratar afecciones de la piel y otros problemas de salud.
El parque alberga también una gran variedad de plantas medicinales, empleadas por las comunidades indígenas, como la uña de gato (Uncaria tomentosa), que es conocida por sus propiedades antiinflamatorias, y el chuchuhuasi (Maytenus laevis), utilizado para aliviar dolores musculares. Además, es hogar de diversas frutas tropicales, como la guayaba, el mango silvestre, el camu camu (rico en vitamina C) y el copoazú, una fruta amazónica similar al cacao.
Esta riqueza vegetal no solo es fundamental para los ecosistemas del parque, sino que también es crucial para las comunidades locales, que aprovechan de manera sostenible estos recursos naturales tanto para uso medicinal como económico.